Оказывается, есть функция которая используется при выборе закладки. Вот в ней то и надо переключать слои и ставить их в соответствие закладкам.

ПриВыбореЗакладки
Предопределенная процедура смены закладки формы.

Синтаксис:
ПриВыбореЗакладки(<НомерЗакладки>, <Значение3акладки>)
Англоязычный синоним:
OnTabCtrlPosChanged

Параметры:
<НомерЗакладки> Числовое значение — номер выбранной за­кладки формы.
<Значение3акладки> Значение выбранной закладки формы.

Описание:
Вызов предопределенной процедуры ПриВыбореЗакладки производится в системе 1С:Предприятие неявно в момент интерактивного выбора пользователем закладки в форме. При вызове процедуры, система подставляет фактические значения параметров, характеризующие выбранную закладку.
Параметры <НомерЗакладки> и <Значение3акладки> используется в теле процедуры для обработки передаваемого системой события смены закладки формы.

Ну наконец то. Давайте быстрее все сделаем.

Процедура ПриОткрытии()
	     Форма.ИспользоватьЗакладки(1);   
             Форма.Закладки.ДобавитьЗначение(1, "Основной");
             Форма.Закладки.ДобавитьЗначение(2, "Слой1"); 
             Форма.ИспользоватьСлой("Основной");
КонецПроцедуры
        
 Процедура ПриВыбореЗакладки(НомерЗакладки, ЗначениеЗакладки)  
 	
 	Если НомерЗакладки=1 Тогда
 	 		Форма.ИспользоватьСлой("Основной");
	Иначе
	     		Форма.ИспользоватьСлой("Слой1");
	КонецЕсли;  
	        
           
 КонецПроцедуры	

Запускаем.

Вот оно. Разные слои разные закладки.